พื้นที่ปฏิบัติงานของมูลนิธิโครงการหลวงบนดอย แบ่งตามลักษณะงาน ได้ดังนี้
1. สถานีวิจัย
สถานีวิจัยของโครงการหลวง เน้นการศึกษาวิจัยการปลูกพืชเมืองหนาวชนิดต่าง ๆ รวมทั้งการศึกษาเลี้ยงสัตว์ที่เหมาะสมกับพื้นที่สูง ตลอดจนเป็นสถานที่ให้การอบรมและถ่ายทอดความรู้แก่เจ้าหน้าที่และเกษตรกรในด้านต่างๆ ประกอบด้วยสถานีวิจัย 4 แห่ง ได้แก่
• สถานีเกษตรหลวงอ่างขาง อำเภอฝาง จังหวัดเชียงใหม่
• สถานีเกษตรหลวงอินทนนท์ อำเภอจอมทอง จังหวัดเชียงใหม่
• สถานีเกษตรหลวงปางดะ อำเภอสะเมิง จังหวัดเชียงใหม่
• สถานีวิจัยโครงการหลวงแม่หลอด อำเภอแม่แตง จังหวัดเชียงใหม่
2. ศูนย์พัฒนาโครงการหลวง
ศูนย์พัฒนาโครงการหลวงเป็นพื้นที่ชุมชนที่ตั้งอยู่บนพื้นที่สูงต่าง ๆ ที่ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ดำเนินการพัฒนาชีวิตความเป็นอยู่และฟื้นฟูสภาพป่าต้นน้ำลำธารในช่วงระยะเวลาที่ผ่านมา ปัจจุบันมีทั้งหมด 39 แห่ง ตั้งอยู่ในพื้นที่ 6 จังหวัดภาคเหนือตอนบน ได้แก่ เชียงใหม่ เชียงราย แม่ฮ่องสอน พะเยา ลำพูน และ ตาก